昭和19年大津郡仙崎町に農業会長門病院として発足。昭和23年8月の厚生連の設立とともに移管。昭和26年深川町の移転を経て、昭和47年現在地に新築移転しました。その後、急性期医療・慢性期医療の両面から地域医療をみつめ、救急告示病院・地域がん診療病院・地域災害拠点病院・第2種感染症指定医療機関等の指定を受け、地域中核病院としての責務を果たしています。平成31年1月から増改築工事に着工し、令和3年7月に増改築工事が完成しました。少子高齢化が進む長門医療圏で、周産期医療や小児入院医療について専門的な役割を担う一方で、地域包括ケア病床・居宅介護支援事業・訪問看護・訪問リハビリなどで在宅医療や介護施設との連携にも積極的に取り組んでいます。県立萩看護学校などの実習病院として医療従事者の育成・教育にも力を注いでいます。またJAフェアの開催など厚生連病院として地域と密着した活動も行なっています。